Veremos como sale la cosa, veremos cómo lo hago!!
1 1. QUARTO
Varios autores
Caption
- Para centrar el caption de las imágenes, mira aquí
Teclitas
En Quarto 1.3 apareció esto los Keyboard Shortcuts. Se insertan “iconos” que simulan unas tecitas con el shortcode “kbd”.
Por ejemplo,
Fragmentos
- Puede q lo mejor para el tamaño de imágenes etc… sea combinarlo con esto:
Latex en fig-cap
Se puede poner formulas : https://fosstodon.org/@juli_nagel/110146398766389608 en las captions de formulas, tablas etc…
se pone asin:
#| fig-cap: "This is a caption at $\\alpha =$ .05."
Conditional content
Render
- Si haces Render de un QMD, se abre un background job, donde primero, knitr ejecutas los chunks y crea un nuevo documento
.md
que ya incluye el código y su output. El fichero.md
es procesado por pandoc que crea el formato final.
#- desde la Terminal
quarto render document.qmd # default is html
quarto render document.qmd --to pdf
quarto render document.qmd --to docx
#- desde la consola
library(quarto)
quarto_render("document.qmd") # defaults to html
quarto_render("document.qmd", output_format = "pdf")
- se puede render con opciones, p.ej:
quarto render document.qmd --to html -M code-fold:true
quarto render document.qmd --to html -M code-fold:true -P alpha:0.2 -P ratio:0.3
En este post Bruno nos cuenta como hacer render de un Quarto book a epub o pdf.
En parametrised, a veces hay que hacer render pero que el output vaya a otro directorio, en este toot se ve q esto esta complicaet, así que lo que hace es hacer el render en la misma carpeta donde está el script pero luego mueve los archivos que se han generado:
file.copy(full_path_source,full_path_destination)
Si quieres ejecutar un R script desde la Terminal:
- Para pasar un documento Word a
.md
. De este toot
CHILD
- truco
knitr::knitr_child()
para generar distintas tablas y títulos en qmd programáticamente: https://fosstodon.org/@MickaelCanouil/109919710663908424
Code in the yaml
- Puedes correr código R en el YAML: https://twitter.com/sharon000/status/1557060949613445120, tb en las opciones de los chunks, por ejmeplo:
#| fig-cap: !expr glue::glue("The mean was {mean(airquality$Temp) |> round()}")
. Otro ejemplo:#| fig-cap: !expr 'paste("Air", "Quality")
aquí
paquetes
- quartostamp: un paquete que viene con RStudio addings para insertar divs, callouts etc… Para mi ptse, PERO en este post les encanta.
Extensiones
Contar palabras: https://fediscience.org/@andrew/110146498837984507
Para incluir scripts (además funciona lo de code folding): https://github.com/shafayetShafee/add-code-files
para poder ocultar los comentarios en los chunks de R: https://github.com/shafayetShafee/hide-comment
2 Chorraetas
- Incluir toot’s en un callout: https://fosstodon.org/@mccarthymg/110371193603225628. Bueno, parace que esta extensión ya lo hace: https://github.com/shafayetShafee/collapse-social-embeds
3 2. PRESENTACIONES
- Puedes usar
preview-links: true
para que los links no se abran en el navegador sino encima de las slides. Docu aquí
4 3. WORKFLOW
RStudio
usethis::::use_blank_slate()
: para q no guarde .Rdata https://vis.social/@ijlyttle/109609358559544095El archivo de configuración de RStudio está en
~/.config/rstudio/rstudio-prefs.json
: en este post explican muchas cosas para ser más productivo con RStudiounas slides de tips para RStudio
https://tidytales.ca/series/2023-01-24_reproducible-data-science/posts/productivity-tips.html
Snippets
Sharon: como usar lo snippets: https://www.infoworld.com/article/3396616/how-to-use-rstudio-code-snippets.html
hacer automaticamente un snippet: https://community.rstudio.com/t/rstudio-selected-code-to-snippet-updating-r-snippets-programmatically/20611
snippets de Mock para quarto: Some of my favs for #QuartoPub fenced divs and spans/fragments: https://gist.github.com/jthomasmock/11acebd4448f171f786e01397df34116 https://twitter.com/thomas_mock/status/1559618507444260864/photo/1
5 4. EXTRAS
CV
- El paquete Rcademy permite buscar y pasar a df tus publicaciones y hace bastantes más cosas
devtools::install_github("ropenscilabs/Rcademy")
library(Rcademy)
mypubs_bib <- read_bib("mypubs.bib")
mypubs_pubmed <- read_pubmed("Rob Hyndman")
mypubs_scholar <- read_scholar("PXaWcW4AAAAJ") #- ok
mypubs_orcid <- read_orcid("0000-0001-9375-6330") #- ok
- El paquete pubmedr busca en PubMed
med_cannabis <- pubmedr::pmed_search_pubmed(search_term = 'medical marijuana',
fields = c('TIAB','MH'))
Scholia: is a service that creates visual scholarly profiles for topics, people, organizations, species, chemicals, etc using bibliographic and other information in Wikidata https://scholia.toolforge.org/
ZEnodo: un repositorio de acceso abierto donde quienes investigan depositan artículos, datos, software, informes, etc. Puede venir bien al buscar info para trabajos universitarios 😉 https://zenodo.org/ desarrollado bajo el programa europeo OpenAIRE y operado por CERN . Permite a cualquier artefacto digital relacionado con la investigación. Para cada envío, se acuña un identificador de objeto digital persistente (DOI), lo que hace que los elementos almacenados se puedan citar fácilmente.
Details
-
<details>
: un ejemplo de lo q hace en html): https://github.com/benyamindsmith/starBliss/blob/main/README.md
6 5. MARKDOWN
Inline code
Explican bien lo de scaping back-ticks: https://www.markdownguide.org/basic-syntax/#escaping-backticks. Estos otros no lo hacen tan bien
inline literal code:
` r 2+2`
`abc`
`` `abc` ``
escribir esto:
`` `abc` ``
para que se muestre esto:`abc`
automatizar la creación de una bullet list: https://stackoverflow.com/questions/74185749/automating-bullet-lists-in-quarto-with-word-output
meta-Markdown
- Pasar un enlace à la md, a enlace en html. aquí hilo de Sharon
cosas
- incluir iframe:
<iframe src="https://quarto.org/" title="https://quarto.org/" width="960" height="500" data-external="1"></iframe>
q los enlaces se abran en pestaña nueva has de poner
{target="_blank"}
Convertir Inline footnotes to Regular footnotes in Markdown: https://yihui.org/en/2023/02/markdown-footnotes/
7 6. PAQUETES
- qrcode: pkg para insertar QR
8 Instalación
- prework de T. Mock: (creo q es solo para PDF) : In order to create PDFs you will need to install a recent distribution of LaTeX. We recommend the use of TinyTeX (which is based on TexLive):
9 7. TRULETES
Son trucos q no los voy a utilizar nunca pero quiero guardarlos
@andrewheiss: Regular reminder that @tjmahr’s trick of storing model results as tab-completable lists (by feeding data frames to split()) is ingenious and will forever change how you use inline chunks with https://www.tjmahr.com/lists-knitr-secret-weapon/
buscar archivos que tengan
draft: true : grep -rl "draft: true"
: https://isaac-flath.tech/til/quartodraftsPilar beneito Otra posibilidad es usar la estrategia de Pilar Beneito en su web. No podemos ver el código porque su web no está alojada en Github, pero Pilar amablemente me proporciono el código. Simplemente hay que poner en el archivo
_quarto.yml
, concretamente en el trozo donde especificamos lanavbar
de nuestra web, lo siguiente:
links:
- label: '<img style="width:95px;" src="logo_AE.jpg" border="0" alt=""/></i>'
url: "https://www.uv.es/uvweb/departamento-analisis-economico/... .html"
Hmisc::rendHTML()
: https://fosstodon.org/@smach/110006219843294743Mostrar las rows de una tabla poco a poco: https://fosstodon.org/@yabellini/110097048443787861
WebR
extensión para meter WebR: https://bbs.crumplab.com/@MattCrump/110005745631956833
un ejemplo: https://hachyderm.io/@ethanwhite/110010844578890215
hay un yaml: https://fosstodon.org/@smach/110012527532778461 si: https://mastodon.social/@coatless/110012581159848485
Este post parece el refinitivo: https://jabberwocky.weecology.org/2023/03/13/a-brief-introduction-to-using-webr-and-quarto-for-client-side-interactive-lesson-material/
el ejemplo redefinitivo: https://rd.thecoatlessprofessor.com/webR-quarto-demos/webr-quarto-html-demo.html
ChatGPT
- chatgpt-from-r: https://www.sumsar.net/blog/call-chatgpt-from-r/
10 8. “Biblio”
- Más trucos (complicaetes y algunos rarunos para mi) de
.Rmd
de Elio Campitelli: https://mastodon.social/@eliocamp/110209569783331181