Subir la web a la UV

• Una vez hemos generado nuestra web en local con Quarto nos queda subirla a la web

• Hay muchos servicios de alojamiento, por ejemplo, pero nosotros tenemos un espacio en la web de la UV.

Gestión de bibliografia

• Imagina que en uno de nuestros post queremos incorporar referencias bibliográficas y además referenciarlas en el cuerpo del artículo ¿te suena, no?

Diagramas

• Quarto permite hacer diagramas con Mermaid y Graphviz. Lo que, según la documentación oficial, posibilita la creación de flowcharts, sequence diagrams, state diagrams, Gantt charts, and more usando una sintaxis (de texto) similar a Markdown.

```{mermaid}
%%| eval: false
flowchart LR
  qmd --> J([Jupyter])
  qmd --> K([knitr])
  J --> md
  K --> md
  md --> P([pandoc])
  P --> pdf
  P --> html
  P --> docx
```

```{mermaid}
gantt
dateFormat  YYYY-MM-DD
title Adding GANTT diagram to mermaid
excludes weekdays 2014-01-10

section A section
Completed task            :done,    des1, 2014-01-06,2014-01-08
Active task               :active,  des2, 2014-01-09, 3d
Future task               :         des3, after des2, 5d
Future task2               :         des4, after des3, 5d
```

gantt
dateFormat  YYYY-MM-DD
title Adding GANTT diagram to mermaid
excludes weekdays 2014-01-10

section A section
Completed task            :done,    des1, 2014-01-06,2014-01-08
Active task               :active,  des2, 2014-01-09, 3d
Future task               :         des3, after des2, 5d
Future task2               :         des4, after des3, 5d

Documentos con múltiples formatos

• Los documentos .html que generemos , ya sean estos documentos individuales o dentro de una web, pueden incluir links al mismo documento en otros formatos. Documentación aquí.

title: Mi documento
author: Pedro J. Pérez
toc: true
format: 
  html: default
  epub: default

quarto render mi-multi-format-document.qmd

Ejercicios interactivos

• Hay varios paquetes como learnr que permiten incorporar ejercicios interactivos a documentos .html generados con Quarto, pero …

Tablas estádisticas

• Ya vimos aquí que se podían hacer tablas muy chulas con R, pero muchas veces hay que presentar los resultados de contrastes o de la estimación de modelos estadísticos.

• Vamos a profundizar en ello con este post del blog

Journal articles

• El curso se ha centrado en la realización de documentos .html pero desde Quarto se pueden generar documentos en múltiples formatos, incluido pdf`s.

• Además, disponemos de plantillas para generar, directamente desde Quarto, documentos en el formato adecuado para un conjunto de Journals. Puedes ver el listado de Journals aquí y aquí

• En Rmarkdown tenemos el paquete rticles con plantillas para generar documentos de un conjunto amplio de Journals

Incorporar tablas desde Google Sheets (o desde Excel)

• A veces veces tenemos unos datos, o un listado de algo: tareas, estudiantes, calendario etc… que queremos incorporar a nuestros documentos, ¿Cómo lo hacemos?

df <- rio::import("./datos/matriculados.xlsx")
gt::gt(df)

# googlesheets4::gs4_deauth() #- si tuvieses q autorizar
my_url <- "https://docs.google.com/spreadsheets/d/16XpV9I0_hoyPqV6o7Pkir4c_mmwgHM4UuGXuM7t7vUc/edit?usp=sharing"
df <- googlesheets4::read_sheet(my_url)
gt::gt(df)

Countdown

• Incluir un reloj para hacer cuentas atrás cuando pones un ejercicio a resolver en clase. Documentación aquí

• Un ejemplo

```{r}
#| eval: false
#| # devtools::install_github("gadenbuie/countdown")
countdown::countdown(minutes = 0, seconds = 42)
```

Crear un glosario de términos

• El paquete glossary permite crear un glosario de términos al final de un documento .html y referenciar términos del glosario en el texto.

glossary_add(term = "Ishi",
             def = "Ishi fue el nombre dado al último miembro de la tribu de los yahi de California, Estados Unidos. La palabra ishi significa hombre en idioma yahi."

glossary::glossary_path("psyteachr.yml")
glossary::glossary_style("purple", "underline")

Crear botones de descarga

• Se trata de crear unos botoncitos (chulos!!) en nuestra web que sirvan para descargarse los documentos (o recursos) que queramos

Extensiones

• En el curso se habla de las extensiones. En las slides nº5, concretamente aquí y en este post y en este otro

• Aquí un post que cuenta como hacer extensiones

Curriculums con Quarto

Desde Quarto se pueden hacer curriculums. Por ejemplo:

Posters con Quarto

• Yo aún no he visto que se pueda, pero la gente esta esperando poder hacer posters con Quarto

Más formatos con .Rmd

• Business cards con pagedown::business_card

• “Cuadros de mando” con flexdashboard: tienes algunos ejemplos aquí. Permite distintos layouts, incluidos los storyboards, por ejemplo este

• Shiny apps con el paquete shiny: algunos ejemplos

• Formatos posibles gracias al paquete rmdformats

Trucos CSS y SASS

• En el improbable caso de que tengamos tiempo, veremos algunos trucos para tunear algunos aspectos de nuestros documentos y web/blog

• Lo haríamos con este post del blog

Informes parametrizados

• un ejemplo con notas y quizás mandarlo por mail

• o con datos de inflación de varios países: https://datageeek.com/2023/03/16/food-inflation-interactive-chart-with-ggiraph/

Cosas de “Rendering”

When you render a Quarto document, first knitr executes all of the code chunks and creates a new markdown (.md) document which includes the code and its output. The markdown file generated is then processed by pandoc, which creates the finished format.

quarto render document.qmd --to pdf
quarto render document.qmd --to html -M code-fold:true
quarto render document.qmd --to html -M code-fold:true -P alpha:0.2 -P ratio:0.3

pandoc -f docx -t markdown foo.docx -o foo.markdown   

Runing Stata in Quarto documents

Tampoco lo he probado, entre otras cosas porque no tengo Stata instalado, pero :

Runing SPSS in Quarto documents

No he visto que sea posible correr SPSS code dentro de R, pero para que tenemos R GUI’s. Otra comparación de GUI’s. Un post sobre Jamovi

Shiny en Quarto

• https://appsilon.com/interactive-quarto-report-translation-tutorial/#final

Queries to bibliographc databases

• openalexR: “helps you interface with the OpenAlex API to retrieve bibliographic infomation about publications, authors, venues, institutions and concepts”

• rscielo: “offers functions to easily scrape bibliometric information from scientific journals and articles hosted on the Scileo Platform

• JCRImpactFactor: “JCRImpactFactor: Journal Citation Reports (‘JCR’) Impact Factor by Clarivate Analytics”

• Scrapping WOS

• Bibliometrix: “bibliometrix package provides a set of tools for quantitative research in bibliometrics and scientometrics”

• RISmed: A set of tools to extract bibliographic content from the National Center for Biotechnology Information (NCBI) databases, including PubMed.

Trabajando con documentos WORD

• officedown: facilita el formateo de informe de Word desde R. Aquí un libro y dos posts: aquí, otro aquí

• officer: The officer package lets R users manipulate Word (.docx) and PowerPoint (*.pptx) documents. In short, one can add images, tables and text into documents from R.

• docxtractr: Extract Data Tables and Comments from Microsoft Word Documents. Aquí un post sobre su uso.

Plantillas/cosas de pdf’s

• Plantillas para hacer pretty pdfs: aquí y aquí

• Plantilla para compact pdf

• Nicola Rennie te dice cómo hacer pdfs parámetrizados: aquí

• Quarto YouTube Playlist

• Title Pages templates for adding a cover page to your Quarto pdf books. Un ejemplo

• Great looking pdf with pagedown: vídeo aquí

• Muchísimas más en Quarto awesome

Otras plantillas

• Un instituto de física: https://github.com/sebdunnett/quarto-iop

• quarto-lcars-theme:

Ejemplitos (de copiar y hacer)

• Quarto sketchy html

• Slides chulas pero sencillas de Mine. El repo aquí

• Un ejemplo de slides chulas: Intro to Quarto, el repo aquí.

• Un póster con posterdown o con pagedown::poster_relaxed.

• Business cards con pagedown::business_card

• “Cuadros de mando” con flexdashboard: tienes algunos ejemplos aquí. Permite distintos layouts, incluidos los storyboards, por ejemplo este

• Shiny apps con el paquete shiny: algunos ejemplos

• Formatos posibles gracias al paquete rmdformats

pak::pak('rstudio/pagedown')