Más cosas con Quarto

(Web del curso aquí)

26 de junio de 2023

Con Quarto se pueden hacer muu🙀uuchas más cosas!!!


Veamos algunas de ellas

Subir la web a la UV

  • Una vez hemos generado nuestra web en local con Quarto nos queda subirla a la web

  • Hay muchos servicios de alojamiento, por ejemplo, pero nosotros tenemos un espacio en la web de la UV.


  • Solo tenemos que subir los ficheros de la carpeta docs o _site a la web de la UV


  • Pero antes, hay que tener activado vuestro espacio web en UV. Veamos cómo hacerlo con este post

Gestión de bibliografia

  • Imagina que en uno de nuestros post queremos incorporar referencias bibliográficas y además referenciarlas en el cuerpo del artículo ¿te suena, no?

Además,

  • no queremos tener que copiar a mano las referencias y

  • tampoco queremos tener que cambiar el formato 😱😱 de las referencias si es que decidimos cambiar de revista


Entonces, ¿cómo lo hacemos? os lo cuento en este post

Diagramas

  • Quarto permite hacer diagramas con Mermaid y Graphviz. Lo que, según la documentación oficial, posibilita la creación de flowcharts, sequence diagrams, state diagrams, Gantt charts, and more usando una sintaxis (de texto) similar a Markdown.
  • Un ejemplo:


El código

```{mermaid}
%%| eval: false
flowchart LR
  qmd --> J([Jupyter])
  qmd --> K([knitr])
  J --> md
  K --> md
  md --> P([pandoc])
  P --> pdf
  P --> html
  P --> docx
```

El resultado:

flowchart LR
  qmd --> J([Jupyter])
  qmd --> K([knitr])
  J --> md
  K --> md
  md --> P([pandoc])
  P --> pdf
  P --> html
  P --> docx


  • Otro ejemplo
```{mermaid}
gantt
dateFormat  YYYY-MM-DD
title Adding GANTT diagram to mermaid
excludes weekdays 2014-01-10

section A section
Completed task            :done,    des1, 2014-01-06,2014-01-08
Active task               :active,  des2, 2014-01-09, 3d
Future task               :         des3, after des2, 5d
Future task2               :         des4, after des3, 5d
```
gantt
dateFormat  YYYY-MM-DD
title Adding GANTT diagram to mermaid
excludes weekdays 2014-01-10

section A section
Completed task            :done,    des1, 2014-01-06,2014-01-08
Active task               :active,  des2, 2014-01-09, 3d
Future task               :         des3, after des2, 5d
Future task2               :         des4, after des3, 5d


  • Se pueden utilizar themes en los “mermaid diagramms”. Documentación aquí

  • Ejemplos más complejos de Mermaid aquí

  • Ejemplos de GraphViz aquí

Documentos con múltiples formatos

  • Los documentos .html que generemos , ya sean estos documentos individuales o dentro de una web, pueden incluir links al mismo documento en otros formatos. Documentación aquí.


  • Para ello hay que incluirlo en el YAML, por ejemplo:
title: Mi documento
author: Pedro J. Pérez
toc: true
format: 
  html: default
  epub: default


  • Un detalle: El render del documento se ha de hacer desde la Terminal:
quarto render mi-multi-format-document.qmd

Ejercicios interactivos

  • Hay varios paquetes como learnr que permiten incorporar ejercicios interactivos a documentos .html generados con Quarto, pero …

      … tienen un inconveniente: los tutoriales deben ser ejecutados locamente
          o alojados en un servidor shiny


  • El paquete webexercises soluciona ese problema ya que genera “standalone HTML files that require only a JavaScript-enabled browser”.

  • El objetivo de webexercises es:

To enable instructors to easily create interactive web pages that students can use in self-guided learning

Tablas estádisticas


  • Ya vimos aquí que se podían hacer tablas muy chulas con R, pero muchas veces hay que presentar los resultados de contrastes o de la estimación de modelos estadísticos.


  • Vamos a profundizar en ello con este post del blog

Journal articles

  • El curso se ha centrado en la realización de documentos .html pero desde Quarto se pueden generar documentos en múltiples formatos, incluido pdf`s.

  • Además, disponemos de plantillas para generar, directamente desde Quarto, documentos en el formato adecuado para un conjunto de Journals. Puedes ver el listado de Journals aquí y aquí

  • En Rmarkdown tenemos el paquete rticles con plantillas para generar documentos de un conjunto amplio de Journals

Extensión: más sobre publicación en Journals desde Quarto

  • Un hilo de Mastodon con las vicisitudes de M. Mahoney para publicar en Elsevier desde Quarto:

  • Journals para publicar código.

  • Esta charla de Mine Çetinkaya-Rundel habla de este tema en el minuto 14 aprox.

Incorporar tablas desde Google Sheets (o desde Excel)

  • A veces veces tenemos unos datos, o un listado de algo: tareas, estudiantes, calendario etc… que queremos incorporar a nuestros documentos, ¿Cómo lo hacemos?


  • Si tenemos los datos en el fichero datos/matriculados.xlsx solo habría que:
df <- rio::import("./datos/matriculados.xlsx")
gt::gt(df)


  • Si los datos los tenemos en Google Sheets
# googlesheets4::gs4_deauth() #- si tuvieses q autorizar
my_url <- "https://docs.google.com/spreadsheets/d/16XpV9I0_hoyPqV6o7Pkir4c_mmwgHM4UuGXuM7t7vUc/edit?usp=sharing"
df <- googlesheets4::read_sheet(my_url)
gt::gt(df)
  • Un ejemplo en esta web. Es un curso de Mine Çetinkaya-Rundel en el que el calendario de sesiones se carga desde un archivo de Google Sheets. El código para hacer la tabla puedes verlo aquí. El documento de Google está aquí

Con Quarto AÚN se pueden hacer muu🙀uuchas más cosas!!


Veamos algunas de ellas

Countdown

  • Incluir un reloj para hacer cuentas atrás cuando pones un ejercicio a resolver en clase. Documentación aquí


  • Un ejemplo
```{r}
#| eval: false
#| # devtools::install_github("gadenbuie/countdown")
countdown::countdown(minutes = 0, seconds = 42)
```

Crear un glosario de términos

  • El paquete glossary permite crear un glosario de términos al final de un documento .html y referenciar términos del glosario en el texto.
  • ¿Cómo? No he llegado a probarlo pero básicamente tienes que

     - crear el glosario de términos en un documento .yml,

     - proporcionar su ruta a la función glossary_path()

  • Para añadir un término al glosario:
glossary_add(term = "Ishi",
             def = "Ishi fue el nombre dado al último miembro de la tribu de los yahi de California, Estados Unidos. La palabra ishi significa hombre en idioma yahi."
  • Para referenciar palabras del glosario en el texto, se hace algo como:

Se considera a glossary::glossary("Ishi") el último nativo de la California septentrional que vivió fuera de la influencia de la cultura occidental. Su historiase popularizó a raíz de un libro de Theodora Kroeber, madre de Ursula K. Le Guin.

  • Además, puedes definir el estilo del glosario con glossary_style(). Por ejemplo:
glossary::glossary_path("psyteachr.yml")
glossary::glossary_style("purple", "underline")


Crear botones de descarga

  • Se trata de crear unos botoncitos (chulos!!) en nuestra web que sirvan para descargarse los documentos (o recursos) que queramos


  • Vamos a probar a hacer estos botones con la extensión downloadthis.

  • Para ello vamos a usar la documentación de la extensión y este post del blog del curso.

Extensiones

  • En el curso se habla de las extensiones. En las slides nº5, concretamente aquí y en este post y en este otro

  • Aquí un post que cuenta como hacer extensiones

  • Por ejemplo podemos probar a usar la extensión fontawesome.


Algunas extensiones chulas:

  • code-fullscreen: permite que al pinchar en un bloque de código, este pase a estar a pantalla completa

  • nustshell: permite crear “expandable explanations”. Lo mejor es pinchar y ver los ejemplos

  • collapse-social-embeds: permite crear 6 tipos de nuevos callouts para social contents (Github gist, Twitter tweets, Mastodon toots, y vídeos de Loom, Vimeo y Youtube). Puedes ver un ejemplo aquí. Seguramente acabaré usándolo en el curso!!

  • downloadthis: permite crear botones de descargar muy chulos. Ya la hemos usado

  • pointer y quarto-spotlight: 2 extensiones para iluminar/agrandar el puntero del ratón en revealjs slides

  • line-highlight: similar a code-line-numbers pero ahora es para documentos html, no para RevealJs slides

  • webR: permite to run R code in the browser without the need for an R server to execute the code!!

  • Sverto: permite incorporar Svelte components that can seamlessly react to your ObservableJS code!!!

  • quarto-animate: permite crear unas animaciones muy “aparatosas”. Puedes ver un ejemplo aquí

Curriculums con Quarto

Desde Quarto se pueden hacer curriculums. Por ejemplo:

  • Plantilla para crear CV con Quarto: quarto-cv

  • Otra plantilla para hacer CV’s, de @BeaMilz: el código y el resultado

  • Tengo el CV en un .docx ¿puedo pasarlo a Quarto? Sí, aquí la explicación. Aconsejan pasarlo primero a Google doc’s


CV’s con .Rmd

Posters con Quarto

Más formatos con .Rmd





Trucos CSS y SASS


  • En el improbable caso de que tengamos tiempo, veremos algunos trucos para tunear algunos aspectos de nuestros documentos y web/blog


AÚN 🙀 más cosas!!!


Ejemplos que se me han quedado en el tintero (quizás para otra edición)

Informes parametrizados

  • un ejemplo con notas y quizás mandarlo por mail


Cosas de “Rendering”

When you render a Quarto document, first knitr executes all of the code chunks and creates a new markdown (.md) document which includes the code and its output. The markdown file generated is then processed by pandoc, which creates the finished format.


  • Rendering con opciones aquí
quarto render document.qmd --to pdf
quarto render document.qmd --to html -M code-fold:true
quarto render document.qmd --to html -M code-fold:true -P alpha:0.2 -P ratio:0.3


  • Para crear epub en Quarto bastaría con hacer en la Terminal: quarto render --to epub; pero mejor leer los consejos de Bruno Rodrigues y de Sam Parmar


  • Para hacer quarto::quarto_render() y que el archivo de salida se cree en un directorio que no sea el directorio raíz del proyecto, parece que no se puede; así que de momento hay que hacer un workaround con file.copy(full_path_source,full_path_destination) para copiar los archivos de salida a otra carpeta.


  • Para convertir un .docx a `.md, hay que ejecutar en la terminal:
pandoc -f docx -t markdown foo.docx -o foo.markdown

Runing Stata in Quarto documents

Tampoco lo he probado, entre otras cosas porque no tengo Stata instalado, pero :


  • Podemos correr código de Stata en Quarto document: aquí se explica cómo usando un paquete de Phyton, pystata.


  • Stata Facade: una extensión de Quarto that hides the evidence of faking Stata dynamic content with Python code blocks and Stata cell magic.


Runing SPSS in Quarto documents


No he visto que sea posible correr SPSS code dentro de R, pero para que tenemos R GUI’s. Otra comparación de GUI’s. Un post sobre Jamovi


Shiny en Quarto

Queries to bibliographc databases

  • openalexR: “helps you interface with the OpenAlex API to retrieve bibliographic infomation about publications, authors, venues, institutions and concepts”

  • rscielo: “offers functions to easily scrape bibliometric information from scientific journals and articles hosted on the Scileo Platform

  • JCRImpactFactor: “JCRImpactFactor: Journal Citation Reports (‘JCR’) Impact Factor by Clarivate Analytics”

  • Scrapping WOS

  • Bibliometrix: “bibliometrix package provides a set of tools for quantitative research in bibliometrics and scientometrics”

  • RISmed: A set of tools to extract bibliographic content from the National Center for Biotechnology Information (NCBI) databases, including PubMed.

Trabajando con documentos WORD


  • officer: The officer package lets R users manipulate Word (.docx) and PowerPoint (*.pptx) documents. In short, one can add images, tables and text into documents from R.


  • docxtractr: Extract Data Tables and Comments from Microsoft Word Documents. Aquí un post sobre su uso.

Plantillas/cosas de pdf’s

  • Plantillas para hacer pretty pdfs: aquí y aquí

  • Plantilla para compact pdf

  • Nicola Rennie te dice cómo hacer pdfs parámetrizados: aquí

  • Quarto YouTube Playlist

  • Title Pages templates for adding a cover page to your Quarto pdf books. Un ejemplo

  • Great looking pdf with pagedown: vídeo aquí



Otras plantillas

Ejemplitos (de copiar y hacer)

pak::pak('rstudio/pagedown')

https://go.uv.es/pjperez/intro.to.quarto